在建設工程施工合同糾紛案件中，關于工程款的爭議占據大多數。審理工程款糾紛案件的基本思路是確定工程造價和已付款項，查清這兩個事實問題，案件基本上就能夠迎刃而解。建設工程造價動輒幾千萬元乃至上億元，行業內掛靠施工、墊資施工的情形又普遍存在，所以工程款大多是分數十次乃至上百次支付，付款方式也不盡統一，加之當事人財務管理混亂，查清已支付的工程款數額往往就需要耗費審判人員的大量精力。特別是在施工過程中當事人之間因發生各種矛盾而導致關系惡化、配合欠缺時，繁重的對賬工作只能通過法庭主持完成。就審判實踐所反映的情況來看，工程款主要通過銀行賬戶、承包人有關人員或特定的第三方來支付，也有部分款項是通過以房屋抵償或與應扣款項相抵銷而視為支付。這些支付方式都不同程度地存在著問題，應當引起承、發包雙方的足夠重視。

一、直接支付至承包人的指定賬戶。

發包人將工程款支付至承包人的指定賬戶，無論是轉賬、現金匯款還是使用票據，對雙方來說都無疑是避免糾紛的最有效方式。即使付款或收款的憑證不慎遺失，任何一方都可以到銀行查詢交易記錄完成舉證，法院也可以通過調查取證查清付款的詳細信息。然而，全部工程款都采用此種方式支付的情況卻并不多見，原因在于建筑市場普遍存在著掛靠施工的現象，實際施工人只是借用建筑企業的資質，以其名義簽訂合同、開具發票和制作施工資料，被掛靠的企業與工程發包人之間實際上并無財務往來。個別建筑企業為了便于實際施工人承建工程，專門為其設立分公司或單獨開設賬戶，這樣雖然在一定程度上可以規范款項往來，但畢竟有以合法形式掩蓋非法目的之嫌，并且掛靠雙方的本意是令彼此資金獨立開來，而在法律意義上總公司與分公司的財產、債務具有同一性，這對雙方而言都增加了很多不可預見的風險。

二、支付給承包人的有關人員。

發包人將工程款直接支付給實際施工人的情形較多。除了實際施工人以外，承包人的財務人員、現場負責人或委托授權的其他人往往也會收取工程款。個人收款常見的第一個問題是沒有委托授權手續或手續不規范。有的案件中，雖然發包人能夠提供承包人有關人員收款的憑證，但是不能提供收款人的委托手續，或委托手續授權不明，由于施工隊伍構成復雜、人員流動性大，根本無法找到收款人進行核實，甚至根本無法得知收款人的身份信息，則增加了發生糾紛的幾率。第二個問題是沒有收款憑據或收款憑據不規范。個人收款，一般是收取現金或票據，然后出具收條、收據或經簽字的票據復印件。如發包人收款后沒有出具收條，顯然會導致承包人舉證困難。如收款憑據不能如實、完整地記載收款日期、金額、事由、方式等信息，也容易引發糾紛。收款日期與實際不符、收款金額大小寫不一致、收款事由未明確與工程的關聯性等現象在審判實踐中都有所反映，但發生幾率相對較小。收款人向發包人出具借條而非收條的情況也時有發生，實際上當事人之間僅存在建設工程施工合同關系，不存在借貸關系，出具借條的真實目的是預收工程款。但即使通過書面證據只能認定為借款，也可以通過抵銷而計入已付的工程款范圍。

票據支付引發的糾紛則相對較多，除簽發空頭支票較為常見外，其他的不規范現象也在案件中有所反映。一是簽發轉賬支票時不填寫收款人。某建筑企業在向工程分包人簽發轉賬支票時，雖然票據上記載有“不得轉讓”字樣，但該企業并未填寫收款人。經幾次流轉后，由最后一手自行填寫收款人信息后到銀行辦理轉賬。盡管分包人在取得支票時已經在存根上簽字，但其聲稱領取支票后因余額不足而將支票退還給總包單位。法院經調查發現，最終的收款人不僅不是支票存根中記載的企業，而且與原、被告也從未發生過業務往來，支票上的內容根本無法如實反映支付情況。二是轉讓銀行承兌匯票時未進行背書。在一起案件中，發包人未經背書，就將銀行承兌匯票交付給承包人的經辦人員，此后匯票多次流轉也未背書。背書內容上反映出的僅是該發包人將支票背書給最終的收款單位，既沒有如實反映支票的流轉過程，也無法證明支付款項的事實。三是收取票據的憑證內容有失完整。由于票據金額較大，流轉速度較快，收取票據的憑證對證明款項的支付就十分重要。一般來說，支票進行第一手流轉時需在支票存根上簽字，支票的后續流轉及匯票的流轉則需要另行開具收據。實踐中有的采用收條形式，載明票據編號、金額或附票據復印件；有的采用格式化的收款收據。在一些收條和收據中，僅記載收取款項的事實，而未載明是采用票據支付的方式，從而引發關于票據與收條或收據是否指向同一筆款項的爭議。為充分發揮票據的功能，避免發生糾紛，使用票據付款時應當力求規范。

三、支付給特定的第三方

在履行合同過程中，發包人需要將一部分工程款支付給第三方，而承包人對此予以認可或應當認可的，同樣具有法律上的效力。

1、支付給約定的第三方

發包人和承包人約定將工程款支付給第三方，該第三方通常是債權受讓人、材料供應商、施工人員、供水供電單位、審計單位、材料檢測單位、規費征收單位等，承包人對上述第三方負有債務，或發包人按約墊付了本應由承包人支付的費用。實踐中還出現過發包方提前向承包人支付工程款，但基于某種考慮而通過第三方過賬的情況。在雙方約定將款項支付給第三方時，沒有簽訂書面協議，或支付的憑據不完備的情形較多。有的發包人在代付費用后，并沒有證據證明相應費用與工程的關聯性。在一起涉及代付規費的案件中，由于政策原因，發包人在立項后即繳納了工程規費，而后才與承包人簽訂合同，但簽訂合同時規費繳納標準已作調整，部分規費取消或減少，雙方又沒有明確此前多繳納的規費如何處理，因此只能由發包人自行承擔。

2、支付給法定的第三方

根據合同相對性原理，發包人一般只應對承包人履行給付工程款的義務。而最高人民法院《關于審理建設工程施工合同糾紛案件適用法律問題的解釋》第二十六條第二款規定，實際施工人可以直接向發包人主張權利，發包人在欠付工程價款范圍內對實際施工人承擔責任。發包人據此向實際施工人支付工程款的，施工單位應予認可。此外，在轉包、分包或掛靠施工的情形下，實際施工人以承包人名義對外所負材料費用、人工費用等債務，符合代理或表見代理特征的，相應債權人可向承包人主張權利，承包人在履行付款義務后，實際施工人也應予以認可。

3、支付給基于其他因素確定的第三方

在實踐中，個別的承包人或實際施工人惡意逃避債務，引發集體信訪、上訪等社會問題。為了維護社會穩定，保護弱勢群體的權益，行政機關或司法機關往往會介入協調，由發包人代為承包人履行相應債務。發包人代為承包人履行債務后，即對承包人享有無因管理之債權，與工程款債務可作抵銷。常見情形一是墊付工人工資，二是墊付工傷賠償款。但發包人墊付款項后，在訴訟過程中承包人通常會對債權人的主體身份、標的及墊付款項的真實性提出異議。因此，發包人在向第三方支付款項時，首先必須在行政機關、司法機關的組織和協調下進行，不能擅自向第三方付款，更不能直接與第三方進行結算。其次，必須仔細核實第三方的身份，且付款額度控制在第三方的債權范圍之內。最后，還要妥善保留證據，同時尋求相關機關的見證。

四、以房屋抵償

一些房地產開發企業在不具備付款能力的情況下，會用其開發的房屋抵償部分乃至全部工程款。但在實際操作中，受房地產交易法律法規和政策的約束，這種抵償并不能和一般意義上的以物抵債一樣通過轉移所有權來完成，而是需要承包人聯系購房人、商談價款后，由開發商直接與購房人簽訂商品房預售合同并開具發票，但房款實際是由承包人收取。這種操作方式本身是不規范的，也容易產生糾紛。一方面，從手續上看，雖然購房人由承包人指定、價格由承包人確定、房款由承包人收取，但商品房預售合同是發包人（開發商）與購房人之間簽訂，發包人必須按照商品房預售合同的約定對購房人履行義務，同時還必須舉證證明房款已經由承包人收取的事實。另一方面，抵償時的房屋價款與商品房預售合同約定的價款之間存在的差額部分如何處理，必須事先作出明確的約定。

五、抵銷應扣款項

扣款本身并不屬于支付工程款的范疇，而是基于一定的事由，履行合同過程中承包人對發包人負有債務，該債務與工程款債權可相互抵銷。具體主要體現為以下四種情形：

1、扣除甲供材料款

在合同約定部分材料由甲方（發包人）提供的情況下，工程造價需扣除該部分材料款，雙方產生爭議的可能性較小。在合同未作約定的情況下，有的是在確定工程造價時直接扣除，有的則是在既定造價的基礎上，將甲供材料款計入已付工程款。后者產生爭議的情況較多，材料進場后發包人沒有及時要求承包人簽收確認，導致訴訟過程中沒有證據證明甲供材料的數量、價款。在一起樁基工程分包單位與工程總承包單位之間的工程款糾紛案件中，建設單位自行采購工程所需的鋼材，由鋼材供應商直接將鋼材運輸至制樁的單位，但簽收人又非制樁單位員工。從建設單位開始，經由工程總承包單位、樁基工程分包單位、制樁單位，最后到鋼材簽收人，都沒有就甲供鋼材辦理相應的手續，以致甲供鋼材的規格、數量、價款無法通過完整的證據鏈予以證實。

2、扣除違約金

承包人承擔的違約金，主要是延誤工期的違約金，也有少數是因未交付竣工資料而產生的違約金。延誤工期違約金的核心問題是竣工日期及交付日期的確定。在發包人將工程分包給不同承包人，但僅對工程作整體驗收的情況下，各承包人如認為實際竣工日期早于整體竣工日期，需要提供證據，因此承包人在竣工后應及時要求建設單位、監理單位作出書面確認。

3、扣除質量瑕疵的修復費用

施工存在質量問題，應由承包方承擔相應的修復費用。如雙方能夠協商確認金額，可直接從工程款中進行扣減。如不能確認，還需要發包方委托專業鑒定機構對質量問題進行檢查、分析，提出修復方案后再進行造價鑒定。發包人單方作出的扣減決定，對承包人不發生效力。

4、扣除審計罰款。

在動用財政資金的建設項目中，通常會約定審計罰則，即送審金額超出審定金額一定比例的，對承包人處以審計罰款。符合約定條件的審計罰款應當與工程款進行抵銷。

從證據的角度來看，付款應當是一個相對容易證明的事實。但在審判實踐中，建設工程領域的付款卻存在著各種各樣的問題。無論是對發包人還是對承包人而言，明確約定收款方式，嚴格按照合同履行，完備各種手續憑證，都是避免糾紛的最有效途徑。