隨著農業稅費的徹底取消和國家對農業扶持政策的貫徹落實，農村土地的效用大大提高，一些進城務工的農民也紛紛返鄉耕種土地。原來并不突出的農村公用設施占地糾紛也開始凸顯出來。在農業稅費取消前，農村學校、交通、水利等公用設施占地一般沒有辦理征地手續，對土地承包經營權人通常采取減收農業稅費的辦法給予補償。農業稅費取消后，土地承包人的補償落空，從而引發農村公益設施占地糾紛。有的農戶準備向法院提起訴訟，要求保護自己的承包經營權，而農村公用設施占地性質的特殊性使得人民法院面臨著是否受理的難題。

目前司法實務界存在兩種觀點：一種觀點認為這類糾紛不宜通過司法途徑解決。首先，這類糾紛量大面廣，涉及的農戶眾多，在農村，基本上每個村社都有類似糾紛；其次，歷史遺留問題多，有的農戶雖然一直在反映，但多年未得到補償，其間一些證據已經滅失，還可能涉及訴訟時效問題，通過司法途徑解決，須嚴格執行法律和相關司法解釋的規定，很多農戶的合法權益可能因證據和時效的原因而得不到保護，占地矛盾就得不到根本解決，可能引起大量涉訴上訪、纏訪。第三，相關法律政策規定不明確。農村公益設施占地不符合國家征地條件，沒有辦理征地手續，怎樣補償？標準如何？都不明確，給人民法院如何適用法律造成了很大的困難。第四，裁判后難以執行。公用設施占地糾紛案件，如果承包人提起訴訟，只能由村社集體經濟組織為被告，但村社集體經濟組織多數“空心”化，沒有或僅有少量的集體財產，沒有履行能力，向集體經濟組織成員集資，更難實行，法院裁判執行難，容易出現“空調空判”現象。因此，持此觀點的人認為解決這類矛盾糾紛宜用社會治安綜合治理的辦法，人民法院收到當事人的訴狀后，不宜立案受理，但要利用建設社會主義新農村的契機，積極協調黨委政府，采取其他方法予以徹底解決。

另一種觀點認為對于是否應當受理農村公用設施占地糾紛的問題，是不存在任何爭論的，因為其中涉及到農民個人的財產權利，有權利就應當有救濟。法院作為司法機關，是救濟權利的最后屏障。對屬于村民合法用益物權權益，神圣不可侵犯，應受法律保護。如果單純為了所謂“公共利益”而使村民個人的合法權益消失殆盡，無論從法理上還是從情理上都是說不過去的。尤其在中西部地區，土地作為農民的主要生存資料，在為了集體組織公共利益而被占用土地又得不到補償的情況下，法律又關閉訴訟之門，有可能導致他們生存的艱難或者社會的不穩，所以，無論從法律角度還是社會角度均應受理此類糾紛，具體可做為民事案件處理，以特殊侵權或者土地征用糾紛來訴訟。

筆者認為，土地征用是發生在國家和農民集體之間的所有權轉移，是指國家為了社會公共利益的需要，按照法律規定的批準權限和程序批準，并給農民集體和個人補償后，將農民集體所有土地轉變為國家所有。國家的這種征用是以土地的補償為代價的。土地征用是政府強制性取得集體土地所有權的一種方式。這種所有權的轉移是在有償的方式下發生的。在此過程中，土地權利的轉移不是一種市場行為，而是一種行政行為。為了國家建設的需要，農民集體不得以任何理由阻礙政府。此時農民集體所有權表現為一種不完全的所有權，其收益權受到削弱。而農村公用設施占地糾紛與國家征用是完全不同的概念，農村公用設施占地是為了本集體經濟組織的公共利益，所有權并不發生轉移，也不是一種政府行為，所以第一種觀點認為“農村公益設施占地不符合國家征地條件，沒有辦理征地手續，怎樣補償？標準如何？都不明確，給人民法院如何適用法律造成了很大的困難”具有一定的合理性。但是，這是否意味著法院就對此類糾紛就不應當受理。很顯然不是。我國法律明確規定農村土地屬集體所有，農民享有本集體土地的承包經營權。這些權利可以通過土地登記，并發放相應的土地權利證書，從而在法律上得到有效的確認和保護。在權利證書中明確規定了集體土地權利主體的權利和義務，可以通過土地利用現狀調查或地籍調查查清各權利主體的土地邊界、面積、位置等基本情況，使權利的行使能夠對應特定的物，從而防止權利的虛化，使其不被他人侵害，從而真正享有土地的所有權或使用權。由于我國特殊的國情，集體土地對農民而言不單是生產資料，還是保障資料。農村公用設施占用土地對農民而言將永遠或者較長時間失去土地的經營權，失去生活的可靠來源和保障。加之我國社會保障體系很不健全，農民未被納入社會保障之列，被剝奪土地后其生存保障問題必須予以考慮。我國《民法通則》第八十條規定：公民、集體依法對集體所有的或者國家所有由集體使用的土地的承包經營權，受法律保護。承包雙方的權利和義務，依照法律由承包合同規定。新頒布的《物權法》對村民的土地承包經營權做出了更加嚴格的規定。當農村公用設施占用村民合法承包經營的土地時，雖然其占用行為法律認可，但其補償缺失卻是侵犯了村民的承包經營權，屬于受訴范圍，人民法院當然應予以受里，具體可以集體經濟組織為被告，以侵權糾紛或者合同糾紛來處理，從而充分維護農村村民的合法權益，為新農村建設提供完善的司法保障。